在《慈德外纪》和《四朝佚闻》中不仅记载了同治皇帝的病情死因之外而且特别描述了同治皇帝南郊微服履行之事，还把此事与同治皇帝的病、死与慈禧太后之间的的矛盾联系起来，以强调说明由于慈禧太后的专权使同治帝忧郁不满。可是皇宫是不会把这种让蒙羞大清国的事公诸于众，于是两宫太后对外宣称同治帝得了天花，而这时的慈禧第一考虑到的仍然还是自己的权力。
在同治帝亲政的第二年两宫皇太后便开始正式垂帘归政了，但慈禧太后的对同治皇帝视极为的不放心常常干预朝政，使年轻自负的同治帝不甘忍受结果不到两年就死了。尽管史料对于他的死有着明确的记载，但是在一些私人的记载中有着很多不同的说法，有的说是死于天花，有的说是死于梅毒，众说纷纭，迷雾重重。
在《慈德外纪》和《四朝佚闻》中不仅记载了同治皇帝的病情死因之外而且特别描述了同治皇帝南郊微服履行之事，还把此事与同治皇帝的病、死与慈禧太后之间的的矛盾联系起来，以强调说明由于慈禧太后的专权使同治帝忧郁不满。
不仅仅实在朝政上慈禧插手就是在皇后的人选上也是慈禧太后一人做主， 16岁同治的皇后当时有两个人选，一为慈禧心目中的皇后：侍郎凤秀的妩媚多姿女儿，一为深为慈安太后所喜的侍郎崇绮的女儿，年长于凤秀的女儿，相貌亦稍逊，但端庄过于前者，后来将崇绮的女儿被立为孝哲皇后；凤秀的女儿为慧妃。
同治对皇后又爱又敬重，而且是敬重多过爱恋，慈禧看着甚为不爽，因此每次接见皇后，都不给好脸色。慈禧对皇后的态度让同治很不舒服，然而孝哲皇后冰雪聪明，知道慈禧太后当初中意慧妃，于是劝同治多去宠幸慧妃。
同治为此很纠结，去找慧妃吧，又不是自己所爱；宠爱皇后吧，太后又不欢喜。思来想去，只好独居在乾清殿。时间久了便耐不住寂寞，再受一些不良人士的诱导，居然微服去花街柳巷，不久染花柳病在床，太医诊断之后大为吃惊，向慈禧请示，慈禧居然批示：“按天花治。”这样当然治不好病，同治很焦躁，问太医：“朕患的不是天花，为何下的是治天花的药？”太医答：“太后的意思。”同治无语，恨恨而已。
那为什么对外宣称同治皇帝死于天花呢？由于清朝早期顺治帝就是因天花而英年早逝，康熙帝因得过天花而被选为皇嗣，天花已经使大清朝的皇室有了强烈的恐慌心理。其实太医心里早已清楚只是不敢言明，这梅毒是比天花更可怕的病。
可是皇宫是不会把这种让蒙羞大清国的事公诸于众，于是两宫太后对外宣称同治帝得了天花，而这时的慈禧第一考虑到的仍然还是自己的权力。
十一月初八上午，两宫太后在同治帝御榻前召见了军机大臣和御前大臣并大臣们瞻仰同治帝憔悴的圣颜，大臣们立即心领神会，一齐请求太再度垂帘听政，一切如慈禧所愿再度掌握权势。
纵观大清帝国的十二位皇帝，可怜同治帝载淳只活了短短的19岁，是去世年龄最小的一位，他的一生就是一个悲剧。
