一般认为，牛奶蛋白不耐受或着非IgE介导的牛奶蛋白过敏，是发生在新生儿期或婴儿早期，配方奶或母乳喂养中接触到了的牛奶蛋白后仅出现了孤立的的胃肠道症状。牛奶蛋白不耐受或非IgE介导的牛奶蛋白过敏，都是一种临床诊断，没有化验或检查来确认这种诊断。
在现实生活中，把牛奶过敏和牛奶不耐受区分得十分清楚是非常困难的，两个术语在实际中又常常被人们甚至医生混用，所以区分起来就更加困难。
过敏（allergy)和不耐受(intolerance )是两种截然不同的情况，但对于某些过敏原（如牛奶），如果仅通过症状，要区分开这两种情况也是非常困难的。
过敏（allergy)和不耐受这两种情况的差异很细微，但由于免疫球蛋白 E (IgE) 介导的，或者说基于免疫反应的过敏的诊断很复杂，如果只是看临床症状的话，这两个术语用那个都有可以。
诊断 IgE 介导的过敏症时，皮肤点刺或验血查找 IgE 抗体是金标准（确诊的最高标准）。过敏症的症状通常发展得更快，更严重。可能会出现“严重过敏（ anaphylaxis.）”反应。或者说是“致命的过敏反应”，牛奶过敏的常见过敏原是牛奶蛋白中的 β 乳球蛋白。
非 IgE 介导的过敏和不耐受通常症状出现的滞后，甚至滞后相当长的时间 有的文献说是在接触牛奶蛋白的4-8个小时后。
一般医生在考虑患儿是消化、吸收和新陈代谢等问题时，也要怀疑和排除牛奶非 IgE 介导的过敏反应和不耐受。
缺乏乳糖酶也可能是牛奶非免疫过敏反应的一个因素，虽然它给患儿带来不适，但不会带来其它不良后果。
一般认为，牛奶蛋白不耐受或着非 IgE 介导的牛奶蛋白过敏，是发生在新生儿期或婴儿早期，配方奶或母乳喂养中接触到了的牛奶蛋白后仅出现了孤立的的胃肠道症状。
这些婴儿通常有更多的哭闹，大便呈粘液状，在大便化验中可以发现可见的血或潜血。一般症状不是很严重。 采用水解婴儿配方奶粉或者从婴儿饮食中完全去除牛奶，或者从母亲的饮食中去除牛奶就可以缓解症状。
牛奶蛋白不耐受或非 IgE 介导的牛奶蛋白过敏，都是一种临床诊断，没有化验或检查来确认这种诊断。
受到影响的患儿可以在 1 岁左右慢慢重新引入牛奶，当时大约 50% 的患儿已经不再过敏，几乎所有儿童在 3 岁时不再过敏。
如果是牛奶蛋白过敏引起的症状，在比较严重的情况下，可能会发展为“食物蛋白诱导的小肠结肠炎综合征 (FPIES)”。 它是一种不太多见的仅有胃肠道反应的牛奶过敏。
如果间歇性反复接触牛奶蛋白，导致了严重的呕吐和阵发性腹泻，出现严重脱水、嗜睡和酸中毒，这就非常非常危险了，往往需要急诊救治。如果反应是慢性的，例如新生儿在消化牛奶配方奶粉时，可能会出现轻微呕吐、腹泻和发育不良，所以也要及时纠正。
一旦医生怀疑食物蛋白诱导的小肠结肠炎 （FPIES），则需要严格避免牛奶，根据情况做出相应的处置。虽然没有实验室检测来确认 FPIES 诊断，但查血可能会显示中性粒细胞增多，代谢性酸中毒甚至高铁血红蛋白血症。
对牛奶的反应，还可能有一种不太多见的进行性疾病-海纳综合征（Heiner’s syndrome）。这可能症状：
对牛奶蛋白的免疫介导的过敏可以通过抗体测试来确认，对于其他非免疫形式的牛奶过敏和不耐受，儿科医生是依靠临床评估来做出诊断的。虽然部分不耐受和非 IgE 介导的过敏症不会对孩子的造成严重的损伤，但是症状严重的孩子还是由专业医生来来诊治。
