之后，居延地区先后为吐蕃、回鹘、契丹所部占据。1949年9月23日和1949年9月27日，阿拉善旗和额济纳旗和平解放，建立人民政府。同年10月，因宁夏省建制撤销并入甘肃省，宁夏省蒙古自治区易名甘肃省蒙古自治区。1979年7月，阿拉善左旗、额济纳旗、阿拉善右旗重归内蒙古自治区领导。
原始社会
阿拉善地区是远古人类的发祥地之一，据考古证实，旧石器时代今阿拉善盟额济纳旗就有人类存在。旧、新石器过渡的代表—细石器文化的赋存和发现，进一步证明古居延地区是东、西石器文化的连接点。新石器、青铜、铁器时代，历代北方游牧民族在贺兰山、曼德拉山、龙首山等处刻制了数以万计的古代岩画，成为研究古代游牧民族早期宗教信仰、生活习俗和经济生活的重要实物资料和珍贵的文化遗产。
原始社会末期，奴隶社会商周时期，弱水流域、居延海畔就有殷商周朝先民生活的足迹。
古代时期
秦始皇统一六国后，在今阿拉善地区东北部始设北地郡。汉代，阿拉善地区分属北地、武威、张掖三郡管辖。
公元前102年（西汉太初三年），征发兵卒18万到河西戍边屯田，北置居延、休奢两县。
公元前73年（西汉本始元年），居延县隶属张掖郡管理。
公元25年（东汉元年），改置“张掖居延属国”。
公元195年（东汉兴平二年），设西海郡，辖居延一县。
魏晋南北朝时期，魏国和西晋续设西海郡。北魏时，阿拉善地区为凉州所辖，公元386年（北魏登国元年），氐族人吕光建立后凉政权，领居延县。
公元521年（北魏正光二年），居延古都属柔然婆罗门领地。
隋朝至唐代初期，阿拉善地区属甘州、肃州，也曾为突厥贵族所据。公元686年（唐朝垂拱二年），唐王朝一度曾将“安北都护府”从漠北迁至漠南，都护府治所在同城，即今额济纳旗境内。公元743年（唐玄宗天宝二年），唐王朝设宁寇军，统领居延军务。“安史之乱”时，河西走廊被吐蕃切断，居延地区成为长安通往西域的“草原丝绸北道”。之后，居延地区先后为吐蕃、回鹘、契丹所部占据。
公元1038年（北宋宝元元年），西夏建国时设12监军司，贺兰山坚军驻守贺兰山沿线，守军5万人。在居延地区设置“黑山威福军司”，治所为今额济纳旗东南黑城。
元朝设亦集乃路，属甘肃行中书省管辖，管理军政事务，总管府驻哈拉浩特（黑城）。
公元1372年（明洪武五年），明军西路军5万骑出塞，兵锋直指亦集乃路，哈拉浩特守将卜颜帖木尔降明，黑城废弃。明朝时期，北元和瓦剌势力先后占据阿拉善地区，明中期以后为蒙古达延汗属部的游牧地。
清朝初年，蒙古鄂尔多斯部额琳沁、固鲁岱青游牧阿拉善地区，1649年因大札木苏叛乱，所部移牧河套地区。公元1676年（清康熙二十五年），卫拉特准噶尔部部长噶尔丹击败和硕特部鄂齐尔图汗。1677年，顾实汗孙和罗理率和硕特余部庐帐万余，自新疆迁徙，途经青海大草滩，移牧阿拉善地区。公元1697年（康熙三十六年），设旗编佐，正式设置阿拉善和硕特旗。
1698年（康熙三十七年），徙牧于伏尔加河流域的土尔扈特部阿玉奇汗族弟纳扎尔玛穆特之子阿喇布珠尔，率部西藏礼佛，归路被阻，请求内附，清廷赐牧党河、色尔腾地方。1729年阿喇布珠尔之子丹忠晋封多罗贝勒。1731年（雍正九年）以后移牧额济纳河流域。1753年（乾隆十八年），设额济纳旧土尔扈特旗。两旗上不设盟，直属清廷理藩院管辖。
近代以来
民国时期，阿拉善旗、额济纳旗直属北洋政府蒙藏院和中央行政院蒙藏委员会管辖，宁夏护军使和宁夏省兼管两旗徒具虚名。期间，原属阿拉善旗的磴口巴格（乡）设县级建置。
1949年9月23日和1949年9月27日，阿拉善旗和额济纳旗和平解放，建立人民政府。
1954年4月，成立宁夏省蒙古自治区，辖阿拉善旗和磴口县，为专区级地方政权，隶属宁夏省管辖。同年10月，因宁夏省建制撤销并入甘肃省，宁夏省蒙古自治区易名甘肃省蒙古自治区。1955年3月，甘肃省蒙古自治区改称甘肃省蒙古自治州。1955年11月，甘肃省蒙古自治州易名甘肃省巴音浩特蒙族自治州。1956年2月，设立巴彦淖尔盟，辖阿拉善旗、额济纳旗、磴口县和巴彦浩特市，隶属内蒙古自治区领导。
1958年4月，巴彦淖尔盟与河套行政区合并，为自治区派出机构，盟府迁三盛公；同年8月，巴彦浩特市撤销，恢复镇级建置。1961年4月，阿拉善旗分设为阿拉善左旗和阿拉善右旗。
1969年7月，中共中央变更内蒙古自治区行政区划，阿拉善左旗划归内蒙古自治区领导，额济纳旗划归甘肃酒泉地区管辖，阿拉善右旗划归甘肃省武威地区管辖，历时10年。
1979年7月，阿拉善左旗、额济纳旗、阿拉善右旗重归内蒙古自治区领导。
1980年4月，成立阿拉善盟，隶属内蒙古自治区，为专区级建制，辖阿拉善左旗、阿拉善右旗和额济纳旗，盟府驻巴彦浩特。
